Đế quốc Trung Hoa được Minh Mục Tông thừa hưởng đầy những xáo trộn gây ra bởi sự quản lý tồi và nạn tham nhũng. Để chấn chỉnh sự hỗn loạn do cha mình gây ra trong suốt một thời gian dài, Mục Tông đã thực hiện việc cải cách triều chính bằng cách sử dụng một loạt các quan lại có tài như Từ Giai, Cao Củng, Trần Dĩ Cần, Trương Cư Chính.

Ông cũng cho thả Hải Thụy và 32 quan lại bị khép tội triều trước, đồng thời bỏ tù Đạo sĩ Vương Kim, một sủng thần của cha mình. Bên cạnh đó, ông chủ trương nối lại quan hệ ngoại giao với các quốc gia châu Âu, châu Phi, giảng hòa với Mông Cổ. Long Khánh cũng đã đưa quân đẩy lùi quân Mông Cổ của Altan Khan, người đã cho quân xâm nhập Vạn Lý Trường Thành và đến tận Bắc Kinh. Một hiệp ước hòa bình để trao đổi ngựa lấy tơ đã được ký kết với quân Mông Cổ ngay sau đó.

Nhằm tăng cường an ninh biên giới trên đất liền và trên biển, ông đã bổ nhiệm những tướng lĩnh có tài như Du Đại Du, Thích Kế Quang trấn thủ vùng cảng biển Triết Giang và Phúc Kiến, ngăn chặn nạn cướp biển từ Nhật Bản (Oa khấu), vốn hoành hành một thời gian dài từ thời Minh Thế Tông.

Triều đại của Mục Tông, không giống với bất kỳ Hoàng đế nhà Minh nào trước đây, đã thấy sự phụ thuộc nặng nề vào các hoạn quan triều đình. Một hoạn quan đặc biệt, Mạnh Công, người được giới thiệu bởi tể tướng Cao Củng, đã đến thống trị triều đình bên trong cho đến cuối triều đại của Hoàng đế. Mạnh Công được ưu ái bằng cách giới thiệu Nu Er Huahua, một nữ vũ công gốc Thổ Nhĩ Kỳ, đến Long Khánh, người có vẻ đẹp được cho là đã thu hút sự chú ý của nhà vua. Bất chấp sự khởi đầu đầy hy vọng ban đầu, Long Khánh đã dần chểnh mảng chính sự và bắt đầu theo đuổi sự hưởng thụ cá nhân. Hoàng đế cũng đưa ra các quyết định mâu thuẫn bằng cách sử dụng lại các linh mục Đạo giáo mà chính ông ta đã cấm khi bắt đầu trị vì.